I sitt arbete för de mänskliga rättigheterna arbetar MR-fonden för mänskliga rättigheter med tre huvudsakliga temaområden som prioriteras i arbetet i såväl Sverige som i de länder där Fonden har samarbetspartners är. Dessa temaområden är:

I sitt arbete utgår MR-fonden från de mänskliga rättigheterna som de definieras i globala och regionala folkrättsliga instrument, såsom deklarationer och konventioner, samt relevanta beslut och riktlinjer

Parallellt med andra aktörers arbete som sker till förmån för de mänskliga rättigheterna ser MR-fonden att det finns en roll att spela i arbetet med att öka kunskapen om och förståelsen för rättighetsperspektivet, internationella och regionala regelverk som finns till skydd för de mänskliga rättigheterna och hur dessa kan användas i såväl Sverige som i utvecklingssamarbetet.

Kännetecknande för MR-fondens arbete är även att det finns en tydlig koppling mellan verksamheten i Sverige och internationellt, vilket innebär att MR-fondens informations- och utbildningsinsatser i stor utsträckning bygger på erfarenheter från Fondens partners inom det internationella samarbetet.