MR-fonden vill i sin verksamhet visa hur folkrätten och de folkrättsliga instrumenten kan användas för att påverka samhällsutvecklingen i demokratisk och fredlig riktning. Detta görs genom utbildning, opinionsbildning, informationsarbete, övervakning och internationellt samarbete. I verksamheten ges stöd till kapacitetsutveckling hos såväl samarbetsorganisationer i Syd som organisationer i Sverige. I syfte att verka som katalysator och främja samordning mellan olika aktörer, agerar MR-fonden ofta i samarbete med andra organisationer, både i Sverige och internationellt.

I sitt arbete strävar MR-fonden efter en tydlig koppling mellan verksamheten i Sverige och internationellt. Detta innebär att MR-fonden tar tillvara erfarenheter från samarbetspartnerna i syd, samtidigt som erfarenheter vunna genom verksamheten i Sverige ska komma samarbetspartnerna i syd till del.

Utöver arbetet med att direkt främja mänskliga rättigheter arbetar MR-fonden för att tydliggöra rättighetsperspektivets innebörd och praktiska betydelse.